Для себя накидал небольшой ruby cli, чтобы из командной строки пачково вкладывать в mkv внешнюю дорожку.
Основной профит - сама сортирует файлы в папке с видео и с аудио и сливает попарно, не глядя на имена.
Кроме того не переделывает уже готовые файлы, если
хотите переделать - просто удалите из папки ./repacked или куда вы их складываете.
Пример использования (для примера запускаем в папке с видео, аудиодороги лежат в папке ./sound_dir )
Код:
audio_repacker.rb ./sound_dir/
Работает на linux+ruby+mkvmerge.
Будет ли работать на Win - без понятия, вероятнее всего нет, проверить не на чем.
Взять файлик можно здесь
https://github.com/Meettya/MKV-audio-repacker
PS. по умолчанию все старые дороги выкашиваются, оставить можно с ключиком --keep_audio
PPS. ну не тянет мой ноут приличное видео с внешними дорогами, старенький он. А с контейнером справляется.