Есть такая утилита du - позволяет определить что и сколько места на винте занимает. Если подозрение на рщьу, то попробуй так
Параметр -d задаёт глубину, т.е. в данном случае будут показаны размеры каталогов, находящихся непосредственно в /home/user Дальше можно или увеличивать глубину, или смотреть содержимое самых больших каталогов примерно так
Код:
du -d 1 /home/USER/directory